Центр создан в апреле 1993 года на базе МИЭМ при поддержке Государственного Комитета Российской Федерации по высшему образованию, Российского НИИ Информационных Систем и Ассоциации Международного Образования (АIЕ).

Своим созданием ЦДО обязан совместным российско-американским проектам дистанционного обучения. Реализация этих, а затем и российско-австралийского проекта, позволила Центру накопить определенный опыт в проведении дистанционного обучения студентов в различных предметных областях и стимулировала процесс создания информационно-образовательной среды для проведения дистанционного обучения.

С момента своего возникновения ЦДО не ограничивался только вопросами дистанционного обучения, а активно занимался внедрением в институте новых сетевых информационных технологий. Была создана система электронной почты внутри института, абонентами которой являются участники проектов дистанционного обучения, студенты и сотрудники различных кафедр, административные структуры.